病假可能会扣年终奖。但具体是由用人单位的规章制度规定的。年终奖是指每年度末企业给予员工不封顶的奖励，是对一年来的工作业绩的肯定。用人单位与职工大会、职工代表大会或者其他形式协商制定内部的工资支付制度。
《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》第三条
企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：
（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。
（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的为九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。
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