法律分析：
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定;没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第十七条 基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。
第十八条 中级人民法院管辖下列第一审民事案件：
(一)重大涉外案件;
(二)在本辖区有重大影响的案件;
(三)最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。
第十九条 高级法院管辖
高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审民事案件。
第二十条 最高人民法院管辖下列第一审民事案件：
(一)在全国有重大影响的案件;
(二)认为应当由本院审理的案件。
第二十一条 对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
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