如果员工按照用人单位的离职流程依法办理离职的，老板非法克扣劳动者的工资属于违法行为，劳动者可以到用人单位所在地的劳动监察部门进行投诉，也可以到用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护合法权益。如果劳动者自离的，劳动者因此给用人单位造成损失的，劳动者应当承担赔偿责任。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条 用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
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