常用生物学软件的安装与应用(五)— 强大的工具进行进化树的构建与美化...
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构建进化树并美化其外观是分子生物学研究中一个关键的步骤，本文将深入探讨如何使用MEGA软件实现这一目标，并介绍一个强大的工具ITOL，帮助你生成美观的进化树图片。
首先，要构建进化树，我们通常会使用MEGA软件。上一期文章中，我们已经学习了如何根据基因或蛋白ID在NCBI上进行BLAST并下载FASTA序列，然后将这些序列导入MEGA软件中进行比对，生成了序列比对文件。接下来，我们将使用这个文件构建进化树。
构建进化树的步骤非常简单，首先在MEGA软件中单击【File】→【Open A File/Session】，打开之前生成的序列比对文件。接着，点击工具栏中的【PHYLOGENY】→【Construct/Test Neighbor-Joining Tree】，选择邻接法来构建进化树。通常，我们采用默认参数即可。这样，一个基本的进化树就构建完成了。
然而，构建出的进化树通常看起来并不美观，尤其是一些英文序列名称较长，可能让人感到头疼。为了解决这一问题，我们需要对序列进行预处理。比如，对于NCBI下载的序列，可以将序列名称中的冗长描述简化为简称，例如目的基因SD1可以命名为AtSD1，At表示拟南芥，SD1表示基因名称。同样，我们可以通过手动删除不相关的序列，减少假阳性问题，以确保构建出的进化树更为准确。
接下来，我们可以通过MEGA软件提供的多种工具来进一步美化进化树。首先，可以通过改变进化树的形状，选择矩形、辐射形或圆形，甚至调整序列名称的对齐方式。其次，可以在进化树上显示分支节点的属性，如节点属性、分支长度和序列名称等信息。此外，还可以调整序列名称的字体和颜色，并为特定序列添加不同的符号。
为了生成最终美观的进化树，可以使用ITOL网站进行进一步编辑。ITOL是一个功能强大的在线工具，能够按照预设的注释文件编辑进化树，并导出可编辑的矢量图文件。要使用ITOL，首先需要将MEGA生成的Newick文件上传到ITOL网站。在ITOL中，你可以调整字体、颜色、分支长度等参数，并用鼠标右键点击序列名称进行进一步编辑。最终，你可以将编辑后的进化树导出为PNG、PDF、SVG等格式的文件，进一步在其他软件如AI中进行编辑和美化。
本文介绍了使用MEGA和ITOL构建与美化进化树的全过程。ITOL是一个强大的工具，不仅支持进化树的编辑，还能识别注释文件，为你的研究提供更多的可能性。对于想要深入学习ITOL的读者，可以在其官方网站上查看帮助文档，了解更多信息。如需更多帮助，欢迎随时与我们联系。
